La irrupción de los territorios implica, también, un acaparamiento, aprovechamiento, utilización y/o explotación de la naturaleza por las FFAA que concentran elementos como las tierras, los cuerpos de agua, las especies de flora y fauna en riesgo y el material pétreo en los cerros. 

Las FFAA obstruyeron el acceso a aguadas y a ríos y extrajeron su agua con pipas propias o al servicio de la Sedena, en ciertos casos –como en Becán– hasta secar la fuente. Hay testimonios de que acapararon la infraestructura hidráulica creada en el marco del denominado Tren Maya –como el acueducto en Conhuas y El Chichonal a cargo de los militares– y existente para los megaproyectos, de que restringieron el reparto por los bomberos para que el agua fuera sólo a la Sedena y que distribuyeron o vendieron selectivamente el agua sin garantizar el servicio público básico para la población local. También hay referencias al tráfico de especies protegidas como ejemplares de jaguares. 

Esto también ocurre con los vestigios y piezas arqueológicas. Hay testimonios que refieren que los militares preguntan sobre el valor comercial de las mismas y sobre posibles compradores; así como de saqueo y destrucción de vestigios, incluso con el uso de dinamita para la extracción en bancos de material pétreo.

“El problema de hacer estos bancos es que se utiliza la dinamitación MHM para abrirlos. Al usar esta delimitación, no importaba si había un vestigio ahí o no importaba si había alguna manada, por ejemplo de monos, o avistamiento de tapires. No habían biólogos encargados en hacer una reubicación. Al departamento de Ambiental no le importaba y pues se daba luz verde para hacer las dinamitaciones de estos bancos (…)” (persona trabajadora en las obras del Tren Maya en Calakmul, Campeche)

“Yo me enojé mucho y esa fue la causa de mi baja de ese proyecto porque tuve un enfrentamiento con el encargado de por qué el vestigio no estaba en la zona delimitada. No había una razón para derribarlo y solo me decía que eraN un montón de piedras, que nada le interesaba y no había por qué enojarnos” (persona trabajadora en las obras del Tren Maya en Calakmul, Campeche)