En los territorios irrumpidos se usa señalética, banderas, escudos, logos y marcas que muestran el dominio de las FFAA.

En los caminos y carreteras hay letreros del Agrupamiento Felipe Ángeles; del Cuerpo de Ingenieros del Ejército Mexicano y del Ejército Mexicano en general. También hay señalética en la entrada y salida de las localidades, en los Aeropuertos, en las cercanías de las estaciones del Tren, en las plazas públicas, en vehículos, en las zonas arqueológicas, en las Áreas Naturales Protegidas, en casi todas las obras y hasta en los durmientes y materiales de construcción.

También hay elementos gráficos relativos a la Sedena en los escudos y logos de los chalecos de ingenieros militares. Es de destacar que no hay un único logo del denominado “Tren Maya” ni de los grupos de ingenieros militares sino que tienen muchas variaciones gráficas. El nombre de GAFSACOMM y/o de Tsíimin K’aak también está en anuncios de publicidad en los aeropuertos y en edificios o camionetas tipo pickup. En éstos no se enuncia con claridad la diferencia entre GAFSACOMM, la Sedena o el “Tren Maya”. 

Por ejemplo, en espacios públicos de Felipe Carrillo Puerto, en Quintana Roo, se colocaron lonas y espectaculares para anunciar, a modo de publicidad, la construcción del proyecto Puerta al Mar y el grupo de ingenieros militares a cargo. Estos anuncios se pusieron en el contexto de las protestas^xv por parte de personas ejidatarias y otros grupos sociales en la comunidad en contra de los abusos del megaproyecto. 

En general, esta señalética anuncia la presencia y las obras en construcción de la Sedena y en algunos casos también indican su propiedad sobre terrenos o edificios. También es usada para restringir o impedir el paso a zonas que antes eran de libre acceso para la comunidad. Un ejemplo de ello está en Becan y Centenario, en Campeche, donde hay letreros que impiden o restringen el paso hacia ciertos caminos con campamentos militares o construcciones. 

Los logos de tramos y frentes del Tren Maya, según testimonios, son aprobados por la propia Sedena y en varios casos contienen referencias militares como la Torre de Albarrana^xvi. Dicha torre se “emplea para las unidades de Ingenieros o Zapadores.” En un video de la Sedena se explicita que las y los ingenieros de combate o zapadores son “Arma y Servicio”^xvii y se les define como “las fuerzas militares especialmente organizadas, equipadas y adiestradas para aumentar el poder combativo de las tropas por medio de la realización de vías de comunicación, fortificaciones, alojamientos y trabajos del terreno”^xviii. Es decir, la construcción de los megaproyectos por ingenieros militares de combate pueden no tener fines de ingeniería civil sino de incrementar el poder de combate militar.